为了满足未来农业高端人才的需求，山东农业大学研究生院特别开设了多种专业，培养出更多的高素质专业人才。
研究生院设有园艺学院、动物科技学院、作物学院、生命科学学院、生物系统工程学院、食品科学与工程学院、水资源与土木工程学院、资源与环境学院、信息科学与工程学院和经济学院等十余个二级学院，涉及工、农、医类学科门类，具有硕士、工程硕士、博士三个学位授权类别。覆盖了植物学、农学、动物学、生物学、水利、土木建筑、食品科学、信息工程、土地管理、环境科学、工商管理等众多学科方向。
学校在研究生培养上，注重理论与实践相结合。拥有一大批富有教学经验的教授和博导，他们为学生授课和指导论文的工作质量都非常高。此外，学校还经常组织学生参加科技创新和社会服务项目，帮助学生更快的成长为专业人才。